Viaţa aşezământului monastic de la Comana va cunoaşte o amplă transformare ca urmare a iniţiativei marelui boier Şerban, viitorul domnitor Radu Şerban (1602-1610) care, la sfârşitul secolului al XVI-lea, îşi va alege drept loc al viitoarei sale ctitorii terenul pe care fiinţa de aproape un secol şi jumătate modesta aşezare monahală ridicată de Vlad Ţepeş.
Pe locul vechiului aşezământ va fi ridicată o biserică de zid, înconjurată pe cele patru laturi de corpuri de chilii, de clădiri cu destinaţie gospodărească ca şi de o casă egumenească, toate protejate de un zid de incintă cu turnuri poligolane dispuse în cele patru colţuri precum şi de un masiv turn de intrare ce avea şi funcţia de clopotniţă.
Ca o remarcă de ordin general, legată de materialele de construcţie întrebuinţate, trebuie reţinut faptul că întreg ansamblul noii mănăstiri va fi construit exclusiv din cărămidă, piatra intervenind sub formă brută în cazul fundaţiilor zidului de incintă şi sub formă prelucrată în cazul unor ancadramente.
Din lăcaşul de cult, modificat într-o etapă ulterioară, elevaţia originală s-a păstrat în zona altarului şi naosului pe o înălţime variind între 10 şi 20 cm, iar în cea a pronaosului în mod cert până la nivelul ferestrelor mici ce se păstrează în registrul superior al faţadelor de nord şi de sud.
Soclul, în grosime de 10 cm şi cu înălţimea de 1 m, este drept şi se termină la partea superioară printr-o profilatură realizată prin retragerea succesivă a trei rânduri de cărămizi.
Din uşile şi ferestrele realizate la sfârşitul secolului al XVI-lea nu s-au mai păstrat decât ferestrele mici, cu arcul în semicerc şi evazate spre interior, aflate în registrul superior al faţadelor de nord şi de sud, celelalte fiind supraînălţate şi modificate într-o epocă târzie. Singurul păstrat, dar supraînălţat, este ancadramentul de marmură al intrării principale, ai cărui montanţi şi lintou au un profil liniar simplu.
Cât priveşte sistemul de decoraţie al faţadelor, un sondaj efectuat în zona de intersecţie a absidei naosului cu pronaosul a pus în evidenţă urmele unui brâu - scos în mod sistematic şi umplut cu fragmente de cărămidă - ce împărţea faţadele în două registre de proporţii inegale. Materialele recoltate din săpăturile efectuate în jurul bisericii au permis reconstituirea modului în care au fost realizate brâul şi cornişa. Din rândul acestora cărămizile cu profil semicircular demonstrează împărţirea faţadelor în două registre prin intermediul unui tor, iar cele cu vârful în formă de dinţi de fierăstrău trebuie să fi aparţinut corniţei. Încă din prima fază a existenţei sale faţadele bisericii au fost tencuite.
Numeroase fragmente de olane smălţuite în culori de galben şi verde, descoperite pe parcursul săpăturilor, probează că într-o primă epocă biserica a fost acoperită cu asemenea materiale.
La rândul său interiorul a fost decorat cu o pictură murală, fragmente din aceasta descoprindu-se în stratul de moloz aflat sub ultima pardoseală.
Ca paviment au fost folosite cărămizile de formă dreptunghiulară - identice ca dimensiuni cu cele folosite la zidărie - în suprafaţa altarului şi cele de formă hexagonală, cu latura de 13 cm şi grosimea de 4 cm, în suprafeţele naosului şi pronaosului. Biserica prezintă un plat treflat, compartimentarea interioară fiind cea obişnuită pentru un lăcaş ortodox: altar, naos şi pronaos, primele două cu abside semicirculare atât la interior cât şi la exterior. Absidele naosului au o deschidere de 4 m şi o adâncime de 1,6 m, iar cea a altarului o deschidere de 6,5 m şi adâncime de 4,4 m.
Pronaosul se apropie ca formă de pătrat, având latura de 6,5 m şi 6,8 m.
Încadrarea conologică a celui de al doilea lăcaş de cult ridicat la Comana a putut fi făcută în cea de a doua jumătate a secolului al XVI-lea, independent de izvoarele scrise, cu ajutorul unui dinar bătut în 1568 la Kremnitz în timpul lui Maximilian II (1563-1572), descoperit în interiorul pronaosului pe nivelul său de construcţie.
Zidul de incintă a fost construit din piatră şi cărămidă, cea dintâi fiind utilizată în realizarea fundaţiilor. Incinta prezenta forma unui patrulater neregulat cu latura estică de 44,10 m, nordică de 61,20 m vestică, de 55,50 m şi sudică de 61,20 m, cu turnuri poligonale dispuse în cele patru colţuri şi un turn de intrare amplasat pe latura sa de sud. Din toate aceste turnuri nu se mai păstra decât cel de nord-vest, celelalte fiind dezvelite cu prilejul cercetărilor arheologice.
Turnul de nord-vest prezenta într-o prima epocă două nivele, parter şi etaj, ce au fost ulterior înglobate în actualul parter. La primul nivel au fost dispuse pe cele şase laturi, la înălţimea de 1,50 m faţă de nivelul de călcare, o suită de guri de tragere, grupate câte două pe cele patru laturi mai mari şi câte una pe cele două laturi mai mici. Cel de-al doilea nivel al turnului avea gurile de tragere grupate câte trei pe o latură.
Deşi din celelalte turnuri elevaţia nu s-a păstrat decât pe o înălţime cuprinsă între 0,80 - 1,20 m avem motive să credem că şi acestea au cunoscut o rezolvare asemănătoare.
Turnul de intrare, amplasat la o distanţă de 1,50 m spre est faţă de turnul de sud-vest al incintei, nu s-a păstrat decât sub forma unor fundaţii cu latura de 8 m şi grosimea de 1 m.
Potrivit descrierii lui Paul de Alep, ce arăta că "clopotniţa e deasupra uşii" , acest turn avea o clopotniţă la nivelul său superior. Fundaţia aflată în colţul său de nord-est pare a fi susţinută de o scară de piatră.
Pe cele patru laturi ale incintei erau amplasate o serie de clădiri cu destinaţii diferite. Astfel, corpurile de chilii se aflau pe laturile de est, vest şi nord-est, clădirile cu destinaţie gospodărească pe latura de sud, iar casa egumenească pe latura de nord a incintei.
Chiliile de pe latura de est a incintei au fost cercetate şi dezvelite pe parcursul cercetărilor arheologice. Un număr de 6 chilii şi 3 vestibule, precedate de o galerie, alcătuiau un corp cu lungimea de 33 m. Fiecare chilie dispunea de câte o fereastră evazată spre interior şi delimitată la partea superioară printr-un arc - plasată în zidul de incintă. În partea sa mediană corpul de chilii comunica cu exteriorul incintei printr-o ieşire delimitată la partea superioară printr-un arc. Şi chiar dacă nu se mai păstrează, existenţa unei galerii alcătuită dintr-un sistem de arcade şi coloane ce se sprijineau pe un parapet de zidărie este confirmată de însemnările călătorului Paul de Alep care arată că incinta avea "galerii arcate de jur împrejur" . Interiorul acestui corp a fost amenajat printr-un paviment realizat din cărămizi cu dimensiuni de 26 x 15 x4cm.
Chiliile de pe latura de vest a incintei, realizată într-o primă etapă de construcţie, se păstrează mai mult la nivel de fundaţie, cele existente în momentul cercetărilor fiind rezultatul unor refaceri ulterioare, ce nu au afectat decât în mică măsură dispoziţia lor planimetrică dar au produs modificări ale accesului în încăperi. Şi pe această latură chiliile erau grupate câte două la un vestibul, excepţie făcând cel de nord ce comunica cu o singura chilie. Acest corp de încăperi, în lungime de 33,15 m era alcătuit din 7 chilii şi 4 vestibule, fiecărei chilii corespunzându-i spre exteriorul incintei câte o fereastră asemănătoare cu cele de pe latura de est. Şi în acest caz încăperile erau precedate de o galerie de felul celei întâlnite pe latura de est.
Un corp mai mic alcătuit din două chilii, un vestibul şi o galerie a fost amplasat pe latura de nord a incintei, în aporpiere de turnul din colţul de nord-est.
În rest, latura de nord a incintei a fost ocupată de casa egumenească, construcţie pe plan dreptunghiular cu dimensiuni exterioare de 27 x 8,6 m, ce cuprindea o pivniţă întinsă pe întreaga suprafaţă, peste care se ridica într-o primă epocă doar parterul, astăzi mult transformat. Pivniţa era împărţită în două nave printr-un şir de arce sprijintie pe stâlpi. Navele, cu lăţimea de câte 3 m, au fost acoperite de bolţi semicilindrice. Accesul în pivniţă se efectua prin intermediul unui gârlici plasat pe latura de sud a clădirii. Iluminatul era asigurat prin 13 ferestre, îngustate spre exterior şi evazate la interior, dispuse câte 6 pe laturile de nord şi de sud, iar una pe latura de est. În grosimea zidurilor se remarcă prezenţa a 4 firide, două în zidul de nord, una în cel de est şi una în zidul de est al gârliciului.
Clădirile cu destinaţie gospodărească, complet dezafectate, ca şi zidul de incintă de pe latura de sud de care erau alipite, se întindeau pe o lungime de 36 m şi au fost plasate pe o distanţă de 1 m faţă de turnul de intrare şi de 9 m faţă de turnul de sud-est Ele constau dintr-o trapeză, două bucătării, două chilii destinate personalului ce deservea bucătăria şi o cămară.